En la ruta pensada para el Tren Maya de 1525 kilómetros, que atravesará Chiapas y Cancún, en su gran mayoría correrá por selvas, algunas de ellas en excelente estado de conservación, las que miden unos 50 mil km2.
El peligro del Tren Maya es que no tiene un estudio de impacto ambiental ni tiene un proyecto ni de conservación ni de mantenimiento, ya que atraerá a decenas de miles de turistas a las zonas arqueológicas o de interés natural donde habrá hoteles y obviamente poblados, que crecerán generando ocupación, pero, también habrá una destrucción masiva de los bosques y selvas, tanto de flora como de fauna, como sucedió en Cancún.
Aunque SEMARNAT anunció que toda la ruta del Tren Maya tendrá evaluación de impacto ambiental, esto fue dicho a mediados de diciembre, también dijeron que se hará consulta pública ambiental y reuniones públicas de información con las comunidades afectadas.
Sin embargo, los ecologistas se oponen al tren maya porque no existe como tal ningún proyecto, además de que el estudio de impacto ambiental no se ha realizado y no puede ser que lo estén promoviendo casi como un hecho sin tener primero los resultados y por otro lado el EZLN se opone, no sin razón, debido a que no fueron consultadas en tiempo y forma las diferentes etnias que viven por donde circulará el tren.
Además, hay que añadir que ha habido una tala sistemática de los árboles de maderas preciosas como la caoba, el palo de rosa, los que han sido, sobre todo los especímenes medianos y grandes, estos árboles pertenecen a la zona en la que quieren hacer correr el tren, por lo que la devastación de estas especies sería mayor.
